在長達1500年歷史中，少林寺遭遇過很多次劫難，古代封建時期，每逢一個朝代沒落，地方政府的控制力減弱，民不聊生之時，少林寺就很難獨善其身。如果碰到大規模的流寇，寺里的僧眾往往會逃散，建筑被毀，也是常有的事。而在所有的劫難當中，1928年軍閥石友三火燒少林寺，或許是最嚴重的一次。
在長達1500年歷史中，少林寺遭遇過很多次劫難，古代封建時期，每逢一個朝代沒落，地方政府的控制力減弱，民不聊生之時，少林寺就很難獨善其身。如果碰到大規模的流寇，寺里的僧眾往往會逃散，建筑被毀，也是常有的事。而在所有的劫難當中，1928年軍閥石友三火燒少林寺，或許是最嚴重的一次。
▲少林寺山門。
▲少林寺外墻門。
▲少林寺中韋馱像。
1926年，北伐戰爭開始了。樊鐘秀的隊伍被劃到馮玉祥的第二集團軍，跟著馮玉祥打了不少仗。1928年3月，北伐戰場主要在山東和京津冀一帶，戰況十分激烈，馮玉祥不得不把所有能調動的軍隊全部拉上前線。河南出現空虛，很多城市只有數百人防守。正是在這種情況下，樊鐘秀接受了奉系的收買和策反，在河南聚集五萬軍隊反叛了。很快，樊鐘秀的軍隊攻下了十幾個縣城，并包圍洛陽、禹州、登封和孝義兵工廠。
馮玉祥在前線獲勝后，調集石友三和宋哲元兩支軍隊鎮壓樊鐘秀叛軍。宋哲元和石友三都是馮玉祥手下數一數二的悍將，打樊鐘秀還是很輕松的，很快就解圍洛陽、登封。在樊鐘秀造反的過程中，少林寺保寺團也參加了，而且樊鐘秀的指揮部就設在少林寺。
火燒少林寺原因
當石友三的部隊打入樊鐘秀設在少林寺的指揮部的時候，樊鐘秀的指揮部已經撤離，寺內的和尚也跑光了。石友三一怒之下就燒了法堂。
至于少林寺主持妙興，他為了保護少林寺，投靠了吳佩孚，做了團長。1926年7月吳佩孚聯合張作霖攻打馮玉祥，被北伐軍擊敗。妙興亦在1927年3月6日，在與任應岐部交戰中陣亡，年僅37歲。
1928年3月15日，石友三進駐樊鐘秀設在少林寺的指揮部，縱火焚燒法堂。有指北伐士兵和部分佃農當時對少林寺心懷怨恨。次日，駐防登封的國民軍蘇明啟旅長，命軍士抬煤油至少林寺中，將整個少林寺付之一炬。天王殿、大雄寶殿、藏經閣、鐘樓鼓樓等重要建筑，都陷入火海之中，大火燒了40天，只剩下幾根石柱遙望蒼天。一大批珍貴文物及5480卷藏經化為灰燼。
之后的數十年，少林寺雖然有重建，但規模不大，住寺僧人也不多。60年代，少林寺成為河南省文物保護單位，“文革”后，少林寺獲得大規模重建，現存少林寺建筑當中包括著名的大雄寶殿、達摩面壁石等均屬仿古重建建筑，但一些地方如古代練武場、塔林及部分石刻仍屬于古代的原物遺存。
