順治16年，吳三桂攻下云南，南明勢力走向末路，清朝完成對大陸的基本統一。吳三桂率麾下人馬，在朝廷授意下，鎮守云南，開藩設府，接手當地軍政大權。
“三藩”之中，吳三桂的勢力要遠超尚可喜和耿精忠，清廷念及吳三桂引清兵入關的“恩惠”，對他的禮遇是最豐富的。
新官上任三把火，吳三桂在任前期，還是做了些好事的。他率軍攻打土匪流寇，平定陜川地區，進入云南后，平定了水西土司，維持了云南一帶短時間的安穩，云南一帶的精兵猛將，大多數成為了他的部下。
云南山高皇帝遠，加上吳三桂功高望重，清廷給了他極大的權力。吳三桂選用官員不受吏部兵部的掣肘，財政收入支出不受戶部的稽查考核，俸祿軍餉還有中央資助，吳三桂成了不折不扣的“土皇帝”。
勢力壯大的吳三桂更加無法無天，他花費三年的時間打造安福園，買了四十個年齡才十五歲的伶人，制造各種顏色的哆囉甲帶，花費了數十萬銀兩，奢靡程度可以比肩紫禁城。
后來，吳三桂又自恃功高，占據桂王五華山舊宮殿作為他的藩王府，又將沐氏一族的七百多頃舊莊占為己有。以修筑城墻為名，實則廣征關稅，鑿鹽井，開礦鼓鑄，重斂土司金幣。
王宮藩府深宅大院落成后，可不能沒有暖房的人。窮奢極欲的吳三桂開始在民間大肆“選美”，他和皇帝一樣坐擁后宮佳麗三千，除陳圓圓之外，又得歌女“四面觀音”、“八面觀音”等人，卻仍在不斷選美。當地的美女玩膩了，他又專門命貼身侍衛，到江南采買美女四十余人，個個年方十五六歲，供其享樂。
吳三桂深知槍桿子里出政權，專制云南十多年間，每日操練士兵，制造大量的兵器，在一些重要的地理位置，都安排了自己的親信。
久而久之，吳三桂憑借其在云南的地位和權勢，往南可以扼制黔粵地區，往西可控制秦隴地區，擁有巨額財富，每年從朝廷那里“坑騙”了許多軍餉回來，而且吳三桂治軍嚴整，對屯守攻戰的這些事情準備的已經很充分了。清廷雖然意見很大，但是一直不敢輕舉妄動。
直至康熙十二年，藩王的無法無天終究讓清廷忍無可忍，康熙下令撤藩。吳三桂氣急敗壞，自然不會束手就擒，他自稱周王、總統天下水陸大元帥、興明討虜大將軍，發布檄文，降清反明的他又開始打著“反清復明”的旗號造反。
吳三桂起兵初期，依靠兵精將勇，打得清廷無還手之地，他兵出三桂，牢牢占據湖南。清軍云集荊州等地，卻不敢度過長江正面與吳三桂大軍交鋒。隨著吳三桂起兵，各地云集響應，紛紛造反，一時間中原大地上風起云涌。吳三桂更是直接登基為皇帝，國號大周。
然而吳三桂終究沒有皇帝命，稱帝當年8月，便因焦慮過重，肝火過盛因病暴斃，時年六十七歲，只做了五個多月的皇帝。
吳三桂死后形勢陡變，叛軍無首，眾心瓦解。其孫吳世璠繼承帝位后難當大任，清軍趁機發動進攻，從此叛軍一蹶不振，湖南、廣西、貴州、四川等地逐步被清軍攻陷。至康熙二十年底，清軍圍攻昆明，吳世璠勢窮自殺，余眾出降，三藩之亂終告平定。
