古碼頭被拆，只剩下踏板石。 劉漢新攝
大云寺經(jīng)歷過盛世輝煌，也遭遇過蕭條衰敗，歷經(jīng)坎坷。
惠州文史學(xué)者何志成認(rèn)為，大云寺應(yīng)該毀于明代。在明嘉靖年間，廣東地區(qū)曾有過一次范圍廣大的“毀淫祠”運(yùn)動。主持這一運(yùn)動的是廣東提學(xué)副使魏校。嘉靖元年（1522），魏校認(rèn)為 「教士以德行為先”，崇儒斥佛，易俗移風(fēng)，在惠州城鄉(xiāng)各地大毀淫祠寺廟，一律改建為書院社學(xué)。魏校在惠州毀了多少寺廟，這些寺廟又分別是哪些，史志中并沒有明確記載。但從明萬歷乙未年由楊起元修撰的《惠州府志》中，我們還是可以依稀看出，大云寺被毀，多少是與之有關(guān)。楊起元這樣記述了魏校：“（石關(guān)王廟）其像琢石為之。魏提學(xué)使人以錐鑿斷之，棄之江中。其毀淫祠不可勝數(shù)，惟此為酷，……見者皆不忍也。”由此可見，大云寺很有可能就在這“不可勝數(shù)”之中。
成氏家族世代住在古庵旁，在此擔(dān)水生活、乘船外出，家中四代人堅(jiān)持守護(hù)著菊潭古庵。“我從小在這長大，對這里很了解。”70多歲的成廣安對古庵有著深厚的感情。成廣安介紹，庵堂早年另作他用，先后成為紙板廠、醬料廠、化肥廠，被占用為洗澡房、飯?zhí)玫龋詈鬁S為堆放雜物的倉庫。
近數(shù)十年來，大云寺一直都無專人打理，只剩下殘?jiān)珨啾冢s草叢生。古庵原本的地面深埋近一米之深，至今只保留下了大門墻基。直到2015年，大云寺在原址范圍內(nèi)重建，進(jìn)行修繕補(bǔ)漏，開展清理活動，大殿的主要支撐換上了不銹鋼梁支架與頂篷，面貌煥然一新。
值得一提的是，作為重要的“蘇跡”遺址，大云寺旁還有一千年古碼頭，蘇東坡來大云寺時(shí)在此上岸。以前東江無橋，居民大多在此坐船過江，古碼頭也是一代水北居民共同記憶。然而，記者實(shí)地走訪，發(fā)現(xiàn)古碼頭早已被填埋，現(xiàn)已蹤跡全無，成為市民休閑垂釣之地。對此，專家直呼可惜，呼吁設(shè)立標(biāo)識，恢復(fù)建設(shè)古碼頭這一人文景點(diǎn)。
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